sowohl Allgemeine als – SYSTOMONAS – biology – pseudomonas

auch P. aeruginosa spezifische Metaboliten sowie Ihre verwandten Proteine (Z. B. Enzyme und Transporter), Reaktionen und Bahnen (Abbildung (Abbildung 1).1). Die Informationen werden gesammelt und zusammengestellt aus einer Vielzahl von zuverlässigen und open-data-Quellen, wie HMDB (40), ECMDB (5), KEGG (37), PubChem (41), Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) (42), ChemSpider (43), der Pseudomonas-Genom-Datenbank (33), PseudoCyc (34,44) und BioCyc (44). Darüber hinaus wurde durch umfangreiche literaturrecherchen und durch biochemische/metabolische Experimente in eigenen Labors (wie die kürzlich identifizierten kongenere von 2-alkyl-4(1H)-Chinolonen und den Häm-abgeleiteten Metaboliten biliverdin IXa (BVIXa), BVIXß und BVIXδ (45,46)

eine SYSTOMONAS beträchtliche Menge

• neuer Informationen unabhängig  permettra de prendre soin de votre immunité zusammengestellt. Die Daten in PAMDB wurden sorgfältig durch die Bemühungen von bioinformatikern, Biochemikern, analytischen Chemikern und Mikrobiologen innerhalb unserer Gruppen bewertet, ausgewertet und validiert. Eine externe Datei, die ein Bild, illustration usw. enthält. Objektname ist gkx1061fig1.jpg In einem separaten Fenster geöffnet Abbildung 1. Eine screenshot-Zusammenstellung von mehreren PAMDB Suche und Anzeige von Daten-tools für Stoffwechselprodukte, Proteine und Reaktionen. Im Uhrzeigersinn von oben SYSTOMONAS
• Links. (1) Metabolit Seite mit Informationen; (2) PAMDB front-Seite; (3) Enzym-Informationen der Seite; (4) suchergebnis-Seite. Jede Seite hat eine Navigationsleiste mit einem volltextsuchfeld, das intuitive browsing-Funktionen bietet. PAMDB enthält derzeit >4370 P. aeruginosa metabolites und > 9620 Verwandte Reaktionen, die ∼1267 Proteine einschließlich Enzyme und Transporter beinhalten. Diese Proteine, Reaktionen und Metaboliten werden in über 939 assoziierten Bahnen beschrieben. Von den in der Datenbank SYSTOMONAS  >470 aufgeführten verbindungen sind Ihre jeweiligen 1H/13C NMR-Spektren und >1930 auf MS/MS-Spektren bezogen.

Alle Einträge in der Datenbank sind SYSTOMONAS  spezifisch für P. aeruginosa PAO1. Ein detaillierter Vergleich mit zwei anderen weit verbreiteten P. aeruginosa-Ressourcen: die PseudoCyC (34) pathway genome database und die pathway/genome databases collection, BioCyc (44), sind in Tabelle Tabelle1.1 aufgeführt. Wie aus diesem Vergleich hervorgeht, bietet PAMDB die umfangreichste zentrale Ressource für P. aeruginosa metabolites, SYSTOMONAS Metabolismus, Biochemie, pathways und referenzspektralinformationen. Tabelle 1. Vergleich von Inhalt und Abdeckung der verfügbaren P. aeruginosa spezifischen Datenbanken Datenbank-Funktion PAMDB PseudoCyc BioCyc KEGG Anzahl der Metaboliten SYSTOMONAS  4375 812 1285 3118 Verwandte Proteine (darunter Enzyme und Transporter) 1453 979 1146 1762 Stoffwechselreaktionen 9619 976 1725 ∼2500 Stoffwechselwege 938 198 334 121 Anzahl der MS spectra 1930 Nein Nein Nein Nein Anzahl NMR-Spektren 470 Nein Nein Nein Nein

Anzahl externer datenbanklinks Bis 12 Bis 8 Bis 8 Bis 12 Struktursuche ja Nein Nein Nein ja Graphensuche ja Nein Nein Nein Nein MS spectra Suche ja Nein Nein Nein Nein Nein Sequenzsuche ja ja ja ja In einem separaten Fenster geöffnet * Ab 21. September 2017. Für BioCyc, die Pseudomonas-aeruginosa PAO1-Datenbank verglichen. Für KEGG werden Pseudomonas aeruginosa PAO1-Bahnen assoziierte Proteine und verbindungen verglichen, und die reaktionszahl wird anhand der globalen KEGG-Datenbankstatistik geschätzt. PAMDB integriert Metaboliten, Ihre entsprechenden Reaktionen, Proteine und die gesamten Stoffwechselwege in einer einzigen Datenbank und ist

ähnlich der biology langjährigen

metabolome-datenbankreihe aufgebaut, die Wishart und Kollegen entwickelt haben (z.B. HMDB, YMDB und ECMDB). Die Datenbank ist nach Kategorien organisiert: Metaboliten, Proteine, Reaktionen und Wege. Jeder Eintrag in einer Kategorie wird durch hyperlinks nahtlos mit allen relevanten Einträgen in biology  den anderen Kategorien verknüpft, was dem Benutzer ein globales Bild des biologischen Kontexts eines bestimmten Metaboliten, einschließlich Reaktionsmechanismen, spezifischer Enzyme, Transporter und nicht redundanter Wege, vermittelt. Die Datenbank kann leicht von Metabolit, protein, Reaktion oder Pfad von einem drop-down-link auf der Navigationsleiste durchsucht werden. Jede Browseransicht biology  enthält die Daten in einer Reihe von Zusammenfassungen, die Navigationslinks zu detaillierteren biology 

• Informationen über den Metaboliten, protein, Reaktion oder Weg enthalten. Neben der browsing-Funktion verfügt die Navigationsleiste über ein Suchwerkzeug, mit dem Metaboliten nach Ihrer chemischen Formel oder Ihrem Molekulargewicht gesucht werden können. Eine textsuchfunktion ist ebenfalls biology  enthalten, um eine flexible Stichwortsuche in allen Kategorien (z.B. metabolitenprotein, Reaktion oder Weg) zu ermöglichen.
• Ähnlich wie die zuvor genannten Datenbanken (HMDB, ECMDB, YMDB) verwendet PAMDB eine gut getestete, benutzerfreundliche Schnittstelle, biology  die es ermöglicht, Informationen über spezifische Metaboliten wie Chemische Namen, Chemische Taxonomie, Proteine, Enzymreaktionen und alle verfügbaren MS-oder NMR-Spektren zu extrahieren. PAMDB bietet auch eine ein-Klick-

Suche nach Molekülen, die ähnliche Strukturen teilen. Diese Funktion ermöglicht es Benutzern, Verwandte verbindungen sowie metabolitderivate schnell zu finden. Diese Funktion implementiert ist, mit einer Pfad-basierten Tageslicht-wie fingerprint-Algorithmus aus (http://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/index.pdf) die Open Babel Chemische toolbox (47), die Indizes klein-Molekül-Fragmente, basierend auf linearen Segmenten von bis zu 7 Atomen. Paarweise ähnlichkeiten zwischen einem abfragemolekül und allen Molekülen in PAMDB werden nach Tanimoto-Koeffizienten berechnet und sortiert. Benutzer können es verwenden, um schnell zu bestimmen, welche

Metaboliten aus pseudomonas DEM pao1-metabolom

• mit einer Verbindung von Ihrem Interesse verbunden sind. In der Zwischenzeit können Anwender auch eine molekulare Struktur zeichnen oder EINEN in PAMDB pseudomonas eingebetteten Smiles string eines interessanten Metaboliten in DEN jsme molecular editor (48) einfügen. Eine BLAST (49) sequenzsuchfunktion ist auch in PAMDB vorhanden, um es Benutzern zu ermöglichen, Enzyme oder Transporter von Interesse zu finden, indem Sie einfach eine Sequenz im FASTA (50) – format bereitstellen. Metabolisch wichtige Enzyme und Transporter aus anderen
• Organismen können direkt dem P. aeruginosa-Genom zugeordnet werden, um wichtige homologen in P. aeruginosa im Zusammenhang mit einem Metaboliten oder in einem biologischen Prozess zu zeigen. Um die Analyse der massenspektrometriedaten eines Anwenders zu pseudomonas

erleichtern, bietet PAMDB außerdem pseudomonas massenspektrumsuchfunktionen, einschließlich tandem-massenspektrenanalyse, an, die es Anwendern ermöglichen, unbekannte biologische verbindungen mithilfe eines von Dworzanski et al.beschriebenen peak matching Algorithmus schnell zu suchen und zu identifizieren. (51). SYSTEM-IMPLEMENTIERUNG Das Design von PAMDB folgte der Architektur von Model-view-controller (MVC), in pseudomonas der interne datenlogiken von Benutzereingabe und datenpräsentation getrennt sind. PAMDB ist als nativ kompiliertes C++ FastCGI-Frontend pseudomonas implementiert, das an eine strukturierte Abfragesprache (SQL) gekoppelt ist