aeruginosaMetabolome Datenbank – biology – SYSTOMONAS – pseudomonas

ist eine durchsuchbare, Reich kommentierte metabolite-Datenbank speziell für P. aeruginosa. P. aeruginosa ist ein bodenorganismus und bedeutender opportunistischer Erreger, der sich durch ein vielseitiges energiestoffwechselnetz an seine Umwelt anpasst. Darüber hinaus ist P. aeruginosa ein Modellorganismus zur Untersuchung von Biofilmbildung, quorum sensing und bioremediationsprozessen, die jeweils von einzigartigen Bahnen und Metaboliten abhängig sind. Die PAMDB basiert auf den Metaboliten Escherichia coli (ECMDB), yeast (YMDB)

und human und biology enthält

• 4370 Metabolite und 938 pathways mit verbindungen zu über 1260 Genen und Proteinen. Die Datenbankinformationen wurden aus elektronischen Datenbanken, Zeitschriftenartikeln und metabolomischen massenspektrometrischen Daten (MS) in unseren Laboratorien zusammengestellt. biology Für jeden eingegebenen Metaboliten liefern wir detaillierte zusammengesetzte Beschreibungen, Namen
• und Synonyme, strukturelle und physiochemische Informationen, kernmagnetresonanz (NMR) und MS-Spektren, Enzyme und weginformationen sowie gen-und biology Proteinsequenzen. Die Datenbank ermöglicht umfangreiche Recherchen über Chemische Namen, Struktur und Molekulargewicht biology

sowie gen -, protein-und pfadbeziehungen. Das PAMBD und seine zukünftigen biology Iterationen werden Biologen, naturproduktchemikern und Klinikern eine wertvolle Ressource zur Identifizierung von Wirkstoffen, potenziellen Biomarkern und der klinischen Diagnostik bieten. EINFÜHRUNG Metabolomics ist die systemweite Analyse von kleinen molekülmetaboliten, die durch einen spezifischen zellulären oder physiologischen Zustand erzeugt werden (1). Zusammen mit transkriptomik und Proteomik liefert Sie eine umfassende systembiologische Analyse globaler Biologischer Prozesse auf zellulärer Ebene (2). biology Die deutliche Ausweitung der Zahl der Organismen-oder

Entretenir son immunité toute l’année; disziplinspezifischen metabolischen Datenbanken im vergangenen Jahrzehnt ist auf die zunehmende Bedeutung der metabolitenidentifikation in der Pathogenese von Krankheiten, Werkzeuge für die Entdeckung von Biomarkern und in der Biotechnologie-und bioremediationsbranche zurückzuführen. Dazu gehören die bahnbrechende Human Metabolome Database (HMDB) (3), die Yeast Metabolome Database (YMDB) (4), die Escherichia coli Metabolome Database (ECMDB) (5), die Small Molecule Pathway Database (SMPDB) (6) und die Toxin/Toxin-Target Database (T3DB), um nur einige zu nennen (7). Es ist immer deutlicher geworden, dass organismenspezifische Datenbanken eine Notwendigkeit sind, das Feld der Metabolomik voranzubringen, da verschiedene Arten sehr unterschiedliche metabolome haben. Darüber hinaus liefern metabolomstudien deutlich mehr phänotypische Informationen als die

transkriptomischen SYSTOMONAS oder proteomischen

• Studien allein. Dies ist besonders wichtig bei Pseudomonas aeruginosa, das über ein umfangreiches repertoire an energiestoffwechselwegen und sekretierten sekundärmetaboliten, einschließlich quorum sensing (QS) – Molekülen, verfügt, die ein einzigartiges und chemisch vielfältiges metabolom darstellen (8). Die jüngste NMR – und GC–MS-Analyse der Metaboliten in P. aeruginosa und eines Mutanten, der QS-Signalmoleküle nicht herstellen kann, ergab, SYSTOMONAS dass das QS-system eine zentrale Rolle bei der Regulierung des Kohlenhydrat -,
• Polyamin-und Lipidstoffwechsels spielt (9). Pseudomonas aeruginosa ist auch ein Modellorganismus für die Biofilmbildung und den eisenerwerb, die beide von einzigartigen Metaboliten abhängig sind, die von diesem Organismus produziert werden (10-12). Viele dieser Metaboliten haben auch eine Breite Anwendbarkeit auf die Biotechnologie: rhamnolipide wurden als bioremediationsmittel (13,14) vorgeschlagen, und 2-heptyl-4- SYSTOMONAS

hydroxychinolon-N-OXID (HQNO) wurde SYSTOMONAS  verwendet, um die zytochrome Funktion vom Menschen auf Bakterien zu untersuchen (15,16). Darüber hinaus sind P. aeruginosa metabolites im Zentrum des wachsenden Feldes der polymikrobiellen Wechselwirkungen mit Bakterien (17-20) und pilzorganismen (21,22). Da sich diese Felder entwickeln, P. aeruginosa metabolites werden zunehmend die Literatur durchdringen und erfordern eine umfassende Ressource für das Verständnis der genetischen und biochemischen Grundlage für Ihre Produktion. Pseudomonas aeruginosa ist in der Umwelt allgegenwärtig und wächst planktonisch und in Polysaccharid-umhüllten Biofilmen. Da es so SYSTOMONAS  anpassungsfähig ist, kann es sehr unterschiedliche ökologische Nischen einnehmen und eine Vielzahl von Infektionen im menschlichen Wirt verursachen (23). Entscheidend für seine Anpassungsfähigkeit ist die Plastizität seines Metabolismus und seines

Genoms. Im Gegensatz zu den meisten anderen Bakterien, bei denen die überwiegende Mehrheit (>90%) der Gene „Kern“ sind, gelten nur 70% der Gene in P. aeruginosa als „Kern“, während die anderen 30% als „Zubehör“ gelten (24-26). Die Bedeutung von P. aeruginosa bei klinischer Infektion und dem Anstieg der Multiresistenz führte zu zahlreichen Multi-omic Studien, die signifikante Informationen über die metabolische Anpassungsfähigkeit von P. aeruginosa auf gen – und proteinebene geliefert haben (16,27–32). Umfangreiche P. aeruginosa gen-und protein-Daten ist verfügbar in verschiedene hervorragende Ressourcen, einschließlich der Pseudomonas-Genom-Datenbank, die sich aus der Pseudomonas-Community Annotation Project (PseudoCAP), das mittlerweile auf über 200 komplette Pseudomonas-Genom

ein pseudomonas Weg-Genom-Datenbank

mit 121 Wege und >800 enzymatischen Reaktionen (34), und die SYSTOMONAS Datenbank, ein resource for systems biology analysis of Pseudomonas (35). Diese Ressourcen sind zusätzlich zu den Informationen über die weit verbreitete KEGG-Datenbank (36,37). Die metabolische Anpassungsfähigkeit von P. aeruginosa wurde gut untersucht und es gibt eine umfangreiche Literatur über sezernierte quorum sensing Moleküle. Leider fehlt die integration dieser wichtigen metabolischen Informationen zusammen mit anderen einzigartigen P. aeruginosa metabolites pseudomonas in eine durchsuchbare Datenbank. Aktuelle metabolome Studien von P. aeruginosa durch unsere Gruppe und andere haben umfangreiche Lücken in allen oben genannten Datenbanken in Bezug auf das Niveau von P. aeruginosa Metabolit Abdeckung, Metabolit Beschreibungen, Stoffwechselwege, Referentielle Spektren, und viele andere wichtige Stücke von Informationen, die zur pseudomonas

Durchführung oder interpret P. aeruginosa metabolom-Studien. Um diesen Mangel zu beheben, haben wir das für die metabolome E. coli (ECMDB) (38) und yeast (YMDB) (39) pseudomonas entwickelte datenbankentwicklungs-und Annotations-framework zusammen mit Inhouse entwickelten Bioinformatik-toolkits zur Generierung Einer P. aeruginosa metabolomic database (PAMDB) für den referenzstamm PAO1 verwendet. Diese erste Version von PAMDB erfasst die Bedürfnisse derjenigen, die die Biochemie von P. aeruginosa studieren, indem Sie die physiochemischen Eigenschaften, NMR-und MS-Spektren, subzelluläre Lokalisation, Wege, Enzymreaktionen und links zu PseudoCAP- pseudomonas

• indizierten sequenzinformationen für einen bestimmten Metaboliten in einer zentralen Datenbank sammelt. Diese Reich kommentierte Datenbank bietet die erste P. aeruginosa spezifische Metaboliten-Ressource, bestehend aus einer interdisziplinären recherchierbaren Plattform für Mikrobiologen, Biochemiker und medizinische Chemiker, die sich für verbindungen als potenzielle Biomarker, klinische Diagnostik und die Entdeckung
• neuer therapeutischer oder bioremediationsstrategien interessieren. BESCHREIBUNG DER DATENBANK PAMDB ist eine umfassende, robust pseudomonas kommentierte und hochintegrative metabolom-Datenbank für P. aeruginosa-Forscher, die sowohl analytische als auch molekulare Informationen über Metaboliten und Ihre biologischen und chemischen Eigenschaften liefert. Es enthält detaillierte physikalische und Chemische Informationen über